Lyon cuenta con 2 importantes estaciones, la Lyon Perrache, que data de 1857, y la moderna Lyon Part-Dieu, que es la principal estación de la ciudad. Además, hay una dentro del Aeropuerto Saint Exupéry, y otras pequeñas estaciones como George de Loup, Vaise, St-Paul, Jean Macé, y Vénissieux.
El servicio de trenes de Lyon es deltipo TGV (trenes de alta velocidad) cubre rutas tanto dentro como fuera de la ciudad, pues se conecta por el norte con París (2 horas), Lille (3 horas) y Estrasburgo, luego conectando con Bruselas (3:30 horas) y Ámsterdam; por el sur con Marsella (1:40 horas) y Montpellier, llegando hasta Barcelona; y por el oeste con Rennes y Nantes.
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